Sonderprüfungen gehören zu den besonderen Instrumenten der Unternehmensüberwachung und werden zusätzlich zu den regelmäßig stattfindenden Prüfungen eingesetzt. Sie kommen dann zur Anwendung, wenn außergewöhnliche Situationen auftreten, etwa bei auffälligen Geschäftsvorfällen, tiefgreifenden organisatorischen Veränderungen oder einem erhöhten Bedarf an verlässlicher Entscheidungsgrundlage. Anders als bei umfassenden Standardprüfungen liegt der Fokus nicht auf der Gesamttätigkeit eines Unternehmens, sondern auf einem klar umrissenen Prüfungsgegenstand. Ziel ist es, komplexe Sachverhalte sachlich aufzuarbeiten, mögliche Risiken offenzulegen und Unklarheiten zu beseitigen, die intern nicht ausreichend aufgeklärt werden konnten. Je nach Anlass erfolgt die Durchführung entweder aufgrund gesetzlicher Vorgaben oder auf freiwilliger Initiative des Unternehmens. 

Rechtlich verpflichtende Sonderprüfungen haben ihren Ursprung vor allem im Handels- und Gesellschaftsrecht. Sie werden insbesondere dann erforderlich, wenn sich die Struktur oder die rechtliche Ausgestaltung eines Unternehmens grundlegend verändert. Dazu zählen beispielsweise die Gründung von Kapitalgesellschaften, Maßnahmen zur Erhöhung oder Herabsetzung des Kapitals, Umwandlungen der Rechtsform, Unternehmenszusammenschlüsse oder auch Liquidationen. In diesen Situationen soll durch eine unabhängige Prüfung sichergestellt werden, dass Vermögenswerte korrekt erfasst, wirtschaftliche Grundlagen realistisch dargestellt und formale Anforderungen eingehalten werden. Gleichzeitig erfüllen solche Prüfungen eine Schutzfunktion für Anteilseigner und Gläubiger, indem sie Transparenz schaffen und Fehlentwicklungen frühzeitig erkennen lassen. Auch bei Zweifeln an der ordnungsgemäßen Leitung eines Unternehmens können Sonderprüfungen angeordnet werden, etwa bei Verdacht auf Pflichtverletzungen durch Mitglieder der Unternehmensorgane. 

Ein weiterer Auslöser kann von den Gesellschaftern selbst ausgehen. Insbesondere Minderheitsbeteiligte haben unter bestimmten rechtlichen Voraussetzungen die Möglichkeit, eine Sonderprüfung zu beantragen, sofern sie konkrete Anhaltspunkte für Unregelmäßigkeiten oder Missstände vorlegen können. Über die Durchführung entscheidet in diesen Fällen häufig ein Gericht. Darüber hinaus verfügen staatliche Stellen über das Recht, Sonderprüfungen anzuordnen. Finanzbehörden nutzen dieses Mittel zur Überprüfung steuerlicher Sachverhalte, während Aufsichtsbehörden – insbesondere im Finanz- und Versicherungsbereich – Sonderprüfungen einsetzen, um die Einhaltung regulatorischer Vorgaben und die wirtschaftliche Stabilität der betroffenen Unternehmen zu kontrollieren. 

Neben den verpflichtenden Anlässen gewinnen freiwillige Sonderprüfungen zunehmend an Bedeutung. Unternehmen greifen darauf zurück, wenn interne Kontrollmechanismen nicht ausreichen oder widersprüchliche Informationen nicht eindeutig geklärt werden können. Auch bei der Vorbereitung von Investitionsentscheidungen, Unternehmensverkäufen oder Finanzierungsmaßnahmen stellen Sonderprüfungen ein wichtiges Hilfsmittel dar. Sie erhöhen die Transparenz gegenüber externen Stakeholdern wie Banken, Investoren oder Geschäftspartnern und tragen dazu bei, Vertrauen in die wirtschaftliche Lage und Organisation des Unternehmens zu schaffen. 

Ein zentrales Merkmal von Sonderprüfungen ist ihre Unabhängigkeit. Die Durchführung erfolgt in der Regel durch externe Wirtschaftsprüfer oder andere spezialisierte Fachpersonen, die nicht in das operative Geschäft eingebunden sind. Der Prüfungsumfang wird im Vorfeld genau festgelegt, kann jedoch aufgrund der Detailtiefe und Komplexität der zu untersuchende Sachverhalte erheblichen Zeit- und Arbeitsaufwand erfordern. Die Ergebnisse werden abschließend in einem schriftlichen Bericht zusammengefasst, der sowohl Feststellungen als auch gegebenenfalls Handlungsempfehlungen enthält. Die Kosten der Prüfung trägt üblicherweise das geprüfte Unternehmen. 

Inhaltlich decken Sonderprüfungen ein breites Spektrum ab. Sie können sich auf die Bewertung von Sacheinlagen, die Analyse vertraglicher Regelungen, die Aufklärung von Betrugs- oder Korruptionsverdachtsfällen oder auf Prüfungen nach speziellen gesetzlichen Vorgaben, etwa im Energie- oder Umweltrecht, beziehen. Insgesamt leisten Sonderprüfungen einen wesentlichen Beitrag zur Förderung von Transparenz, Rechtssicherheit und Vertrauen in unternehmerische Entscheidungen und Strukturen.